Tháng 6/2023, Filip Nguyễn đã ký hợp đồng có thời hạn 3 năm với CLB Công an Hà Nội (CAHN) và đã trải qua 2 mùa giải rưỡi với đội bóng ngành công an. Sau khi mùa giải năm nay khép lại, hợp đồng của Filip Nguyễn và CLB CAHN sẽ chỉ còn thời hạn 6 tháng và ngôi sao 32 tuổi hoàn toàn có thể đàm phán với một đội bóng khác.
Được biết, Filip đang cân nhắc chuyển sang Thai League (giải VĐQG Thái Lan) hoặc J.League (giải VĐQG Nhật Bản). Điều này sẽ không ảnh hưởng nhiều đến việc cống hiến cho ĐT Việt Nam trong các đợt FIFA Days, nhưng cầu thủ Việt kiều Séc có thể sẽ bỏ lỡ AFF Cup nếu ra nước ngoài chơi bóng.

Hiện tại, thủ thành sinh năm 1992 đã có 1 chức vô địch V.League và đang hướng tới việc chinh phục Cúp Quốc gia và Cúp các CLB Đông Nam Á. Filip Nguyễn cũng là một trong những cái tên chơi nổi bật nhất của CLB CAHN ở trận Chung kết lượt đi Shopee Cup với Buriram United.
Filip Nguyễn còn được biết đến với việc không ngừng tìm kiếm những phương pháp tập luyện mới để nâng cao trình độ của mình. Anh đã từng đeo kính đặc biệt để tập luyện, giúp anh phản ứng tốt hơn với những pha dứt điểm khó lường.
Dù lựa chọn bến đỗ nào trong tương lai, Filip Nguyễn vẫn sẽ là một trong những thủ môn hàng đầu của Việt Nam, với kinh nghiệm và kỹ năng đã được chứng minh qua các giải đấu quốc tế.