Đồng thời cũng đặt tác phẩm trong dòng vận động của tư tưởng Việt Nam, tâm thái của các tầng lớp xã hội trong buổi Âu Á giao thời, trong buổi chọn đường phát triển của văn hóa Việt Nam, đặt nó trong lịch sử nghiên cứu Nho giáo thế kỉ XX nói chung, với cái nhìn toàn cục các diễn tiến ở các quốc gia châu Á và trên thế giới.
Cuối thế kỉ XIX đầu thế kỉ XX, diễn ra bước chuyển mạnh mẽ từ học thuật truyền thống của Nho gia sang nghiên cứu Nho gia với tư cách là một lĩnh vực học thuật lấy tư tưởng Nho gia làm đối tượng nghiên cứu. Trong quá khứ, suốt nhiều thế kỉ, các quốc gia Đông Á (Trung Quốc, Hàn Quốc, Nhật Bản, Việt Nam) tình hình chung là, có số lượng rất lớn những người cả đời nghiên cứu, suy ngẫm về kinh điển của Nho gia. Học thuật của họ, bao gồm huấn giải, khảo chứng, chú sớ, truyện chú cho kinh điển. Đối với thiên kinh địa nghĩa, học là để lĩnh hội, tiếp thu và biến giáo nghĩa thành thực tiễn đạo đức sinh động ở bản thân mình. Học thuật của họ là xiển phát nghĩa lí và tìm hiểu tư tưởng với tư cách của giáo đồ. Công việc được tiến hành với tinh thần sùng kính tôn vinh. Các hoạt động đó gọi chung là kinh học. Bước chuyển biến lớn của học thuật đầu thế kỉ XX là từ kinh học Nho gia sang khoa học nghiên cứu Nho gia hiện đại với đối tượng và phương pháp nghiên cứu rõ ràng. Công việc này được nhiều học giả Trung Quốc đầu thế kỉ XX tiến hành với qui mô lớn, những tên tuổi thường được nhắc đến như Lương Khải Siêu, Trần Độc Tú, Lý Đại Chiêu, Hồ Thích…
Tại Việt Nam, quá trình giải thể của nền giáo dục khoa cử Nho học những năm 1918-1919, quá trình Âu hóa diễn ra mạnh mẽ và sâu sắc trong xã hội Việt Nam cũng đã tạo ra những chuyển biến quan trọng trong lĩnh vực nghiên cứu và thảo luận Nho học. Phan Bội Châu với Khổng học đăng và Kinh Dịch có thể coi là những hoạt động cuối cùng theo cách xiển phát kinh điển, cổ vũ cho tư tưởng Nho gia. Nho giáo, một cuốn sách giới thiệu về Nho giáo khá hệ thống và sâu sắc của Trần Trọng Kim, cũng ra mắt độc giả vào giữa thập kỉ 1930. Tuy đầy tâm huyết và trong cách nhìn có nhiều nét mới mẻ, nhưng cả Phan Bội Châu và Trần Trọng Kim về căn bản vẫn chưa vượt ra ngoài phên dậu học thuật của nhà Nho, tức cái học chú sớ, giảng nghĩa quen thuộc của nhà Nho.
Những bài phê phán Nho giáo của Phan Khôi trên báo Thần Chung và những bài phê phán Nho giáo trên báo Nam Phong và các tờ báo khác thập kỉ 1920 đầu thập kỉ 1930 tuy gay gắt và quyết liệt nhưng phần nhiều là những đoạn thảo luận có tính khen chê hơn là phân tích mổ xẻ có bài bản có phương pháp, đúng nghĩa là một lĩnh vực khoa học lấy tư tưởng Nho gia làm đối tượng nghiên cứu. Việc nghiên cứu Nho giáo một cách đúng nghĩa, chỉ thực sự bắt đầu từ 1938 với Khổng giáo phê bình tiểu luận của Đào Duy Anh. Ông đã nghiên cứu Nho giáo với phương pháp luận mới mẻ, khoa học, có hệ thống, có phương pháp. Ông đã có cái nhìn khách quan khoa học hơn những thế hệ trước trong việc đánh giá nghiên cứu về Khổng giáo. Tuy chỉ là một công trình có số lượng trang chữ khiêm tốn với cái tên tiểu luận, nhưng công trình thực sự đã đánh dấu mốc quan trọng trong lịch sử nghiên cứu Nho giáo ở Việt Nam thế kỉ XX, cũng như lịch sử tư tưởng Việt Nam hiện đại nói chung. Với ý nghĩa đó, Đào Duy Anh là người khai mở cho lĩnh vực nghiên cứu Nho giáo ở Việt Nam thời kì hiện đại.
Đào Duy Anh là người đầu tiên áp dụng phương pháp luận nghiên cứu của chủ nghĩa Mác vào nghiên cứu Nho giáo ở Việt Nam. Theo hướng này, Đào Duy Anh đặc biệt chú ý tới những nguyên nhân, những điều kiện kinh tế, chính trị, xã hội của thời điểm Nho giáo ra đời cũng như những nhân tố tạo ra những biến thiên của nó trong lịch sử và cuối cùng luận bàn về lẽ tồn vong tất yếu của nó trong lịch sử. Sự tồn tại của một loại tư tưởng, học thuyết theo ông đều có tính lịch sử cụ thể, trong đó điều kiện kinh tế có ý nghĩa quyết định. Ông viết: “Phàm một chế độ thành lập hay biến thiên, tất do nhiều nguyên nhân, như tư tưởng, tập quán tôn giáo, mĩ thuật, chủng tộc, địa lí…, nhưng cái nguyên nhân trọng yếu nhất là điều kiện kinh tế. Chế độ nô lệ thành lập ở trên nền kinh tế nô lệ, chế độ phong kiến thành lập ở trên nền kinh tế phong kiến, chế độ tư bản thành lập trên nền kinh tế tư bản, nói tóm lại thì chế độ tức phản ánh của kinh tế. Vậy thì chế độ biến thiên, tất vì nền tảng kinh tế biến thiên...”.
Rõ ràng, Đào Duy Anh đã vận dụng một cách khá triệt để và sâu sắc phương pháp luận mác xít, quan điểm kinh tế luận mác xít để nghiên cứu các vấn đề tư tưởng phương Đông. Phương pháp mà Đào Duy Anh tiến hành để thao tác, luận giải chính là phương pháp xã hội học lịch sử mà nhiều học giả mác xít áp dụng. Cách làm này chưa từng thấy ở các học giả Việt Nam, mà ở Trung Quốc cũng mới bắt đầu được triển khai.
Theo hướng này, Đào Duy Anh đã lí giải, mô tả kĩ lưỡng tình hình nền sản xuất nông nghiệp, công thương nghiệp, đặc biệt là sản xuất nông nghiệp. Vấn đề công cụ sản xuất, tổ chức sản xuất. Trong đó ông coi việc tìm ra và sử dụng công cụ bằng sắt có tính chất quyết định tới các chuyển biến kinh tế, xã hội thời Chu. Quan điểm này có phần giống quan điểm của Hồ Thích, Quách Mạt Nhược, Hầu Ngoại Lư ở Trung Quốc. Đào Duy Anh cũng chú ý phân tích tới những chuyển biến xã hội, những biến chuyển trong tầng lớp dân cư, sự xuất hiện của những giai tầng xã hội mới… Khi phân tích các vấn đề xã hội, ông tỏ ra quán triệt các quan điểm duy vật lịch sử của Mác, các vấn đề lí luận của học thuyết Mác về phân chia giai cấp và đấu tranh giai cấp. Ông nói: "Khổng Tử chính là nhà triết học đại biểu cho tư tưởng của giai cấp tân địa chủ và sĩ phiệt, mà Khổng giáo là học thuyết đại biểu cho tư tưởng thống trị và trọng nông của giai cấp ấy”. Chính Đào Duy Anh đã mở đầu việc nghiên cứu các vấn đề của tư tưởng, văn hóa, chính trị, xã hội phương Đông trên cơ sở phân tích các quan hệ giai cấp, những xung đột và đấu tranh giai cấp để đánh giá các vấn đề tư tưởng. Rất nhiều vấn đề tư tưởng phức tạp của Khổng Tử, của tầng lớp sĩ đương thời, những hạn chế, tính bảo thủ, tính cải lương của tư tưởng Khổng Tử đều được Đào Duy Anh tố nguyên về vị trí, lợi ích và đặc điểm của giai cấp tân địa chủ.
Quan điểm kinh tế luận và học thuyết phân chia giai cấp và đấu tranh giai cấp được Đào Duy Anh vận dụng quán xuyến toàn bộ Tiểu luận. Nó mở đầu cho xu hướng luận giải về các hiện tượng tư tưởng lấy phương pháp luận mác xít làm cơ sở, làm kim chỉ nam. Công việc nghiên cứu theo hướng đó đã đạt được những ưu điểm mà trước đó chưa từng có. Nó cho phép lí giải được những nguyên nhân khá xác đáng và thuyết phục của các hiện tượng tư tưởng, xã hội. Tuy nhiên công việc của Đào Duy Anh đồng thời cũng mở đầu cho một hướng nghiên cứu còn có phần cứng nhắc, khiên cưỡng, do quá trình vận dụng phương pháp luận mác xít chưa thực nhuần nhuyễn gây ra.
Những ưu thế mà phương pháp luận mác xít đem lại cho giới nghiên cứu là hiển nhiên, không thể phủ định được. Ở đây chúng tôi chỉ bàn tới một vài điểm liên quan tới việc áp dụng cụ thể phương pháp luận đó của một học giả cụ thể cho một đối tượng nghiên cứu cụ thể là Nho giáo ở một thời điểm cụ thể là nửa đầu thế kỉ XX.
Đào Duy Anh thuộc thế hệ những người đầu tiên áp dụng phương pháp luận mác xít vào nghiên cứu văn hóa phương Đông, cụ thể là ở Việt Nam. Tác giả đã áp dụng phương pháp luận này cho đối tượng nghiên cứu khá rộng lớn, từ triết học, lịch sử, địa lí, văn học, phong tục tập quán... Trong đó các công trình nghiên cứu có tính chất đại cương về lịch sử Việt Nam, lịch sử văn hóa và tư tưởng Việt Nam là tiêu biểu hơn cả. Phương pháp mà Đào Duy Anh vận dụng chính là phương pháp xã hội học lịch sử. Việc lần đầu áp dụng loại phương pháp luận có nhiều ưu thế này đã tạo cho tác giả những năng lực giải quyết mạnh mẽ các vấn đề khoa học. Quan điểm duy vật biện chứng và duy vật lịch sử đã khiến cho nhiều vấn đề chính trị, xã hội, lịch sử vốn rất phức tạp được nhìn nhận một cách sáng rõ. Nó thực sự tạo ra một bước phát triển có tính cách mạng về mặt phương pháp luận và phương pháp nghiên cứu. Tuy nhiên, chính vì là những người đầu tiên áp dụng loại phương pháp luận này nên việc áp dụng nó không tránh khỏi nhiều chỗ còn khiên cưỡng, thô sơ, chưa đạt tới độ tinh tường nhuần nhuyễn sâu sắc, tinh tế. Mặt khác, do đối tượng nghiên cứu có nhiều nét đặc thù mà những phân định rạch ròi về lực lượng sản xuất, quan hệ sản xuất, việc phân chia giai cấp ở phương Đông gặp phải những khó khăn cản trở. Tức tính đặc thù của phương thức sản xuất châu Á là rất lớn, điều đó có cản trở việc triển khai phương pháp luận nghiên cứu loại này.
Khi phân tích những vấn đề mà theo Đào Duy Anh là cốt lõi, là nội dung cơ bản của học thuyết Khổng Tử, tác giả chú ý tới các vấn đề như biến hóa tùy theo, chính danh, trung ương tập quyền, nhân, hiếu, tam tòng, trung dung, quân tử, lễ nhạc, tuy nhiên tác giả mới chỉ luận giải ở mức sơ giản. Tác giả chưa chú ý làm rõ hàm nghĩa của từng phạm trù, lí giải tỉ mỉ từng quan niệm. Điều này khó có thể đòi hỏi hơn vì chính tác giả đã nói từ đầu rằng tiểu luận này chỉ có tính chất đề cương cho một công trình qui mô lớn hơn. Điều đáng nói ở đây là tác giả đã quá thiên về lí giải những nguồn gốc giai cấp, đặc tính giai cấp của các tư tưởng đó. Giai cấp tân địa chủ sĩ phiệt được ông cho là chủ thể tư tưởng của mọi quan niệm của Khổng Tử. Ông viết: “Ta có thể nói rằng phương pháp dung hoà hai cái khuynh hướng đả đảo địa vị của giai cấp quí tộc cũ và củng cố địa vị của giai cấp tân địa chủ, chính là đạo trung dung vậy”.
Khi phân tích các điều kiện tồn tại ở thời Xuân Thu, Chiến Quốc ở Trung Quốc, do quá chú ý, mải miết theo đuổi những vấn đề thuộc hoàn cảnh kinh tế, cơ cấu giai cấp, những mâu thuẫn giai cấp... tác giả đã không chú ý đúng mức tới những nhân tố phát triển nội tại của chính văn hóa, học thuật, tư tưởng của Trung Quốc cũng như những biến thiên của nó trong hoàn cảnh kinh tế, xã hội có những thay đổi to lớn. Những nhân tố đó chẳng hạn như truyền thống lễ nhạc, vu giáo, cấu trúc gia tộc và văn hóa gia tộc, thể chế tông pháp... Chính Khổng Tử là người đứng ở tâm điểm của mọi sự biến chuyển văn hóa và học thuật, là người đóng vai trò tổng kết văn hóa, là người hội tụ những truyền thống lớn của văn hóa Trung Quốc cổ đại. Đi lướt qua những vấn đề hệ trọng của truyền thống văn hóa Trung Quốc, Đào Duy Anh đã chưa làm rõ được, luận giải được những điểm có thể coi là cốt tủy của tư tưởng Khổng tử, cùng những đặc điểm tư duy, phương pháp tu dưỡng, cơ chế tâm lí của sự tu thân nội tỉnh. Tác giả mới thiên về lí giải phương diện chính trị xã hội của học thuyết. Đào Duy Anh nhắc tới cả lễ, nhạc, nhân, chính danh, thời, nhưng không chỉ ra mối liên hệ nội tại của chúng, cơ chế tương tác, phối hợp của chúng tạo thành một chỉnh thể của học thuyết Khổng phu tử. Việc nhìn nhận và chỉ ra sự vận động nội tại của văn hóa, tư tưởng Trung Quốc cũng cần thiết một cái nhìn lịch sử, quan điểm biện chứng, tuy nhiên do quá chú ý tới thân phận xã hội, thành phần giai cấp của Khổng Tử và tầng lớp sĩ nên tác giả đã chưa chú ý tới các phương diện này.
Sự thiếu hụt này không chỉ thấy ở Đào Duy Anh mà ở Việt Nam đầu thế kỉ XX và suốt nhiều thập kỉ giữa thế kỉ XX, người ta vẫn ngại nói tới những nhân tố phát triển nội tại của tư tưởng và học thuật, sự chuyển hóa và ngưng tụ của các hiện tượng văn hóa vì sợ qui là duy tâm. Đó chính là một hạn chế trong sự vận dụng phương pháp luận mác xít nghiên cứu các vấn đề của tư tưởng và văn hóa Việt Nam.
Mặt khác, Đào Duy Anh cũng đã không thấy được rằng tư tưởng Khổng Tử không phải nhất thành bất biến, mà có sự vận động trong các chặng khác nhau của đời sống, ở từng chặng khác nhau trong đời Khổng Tử. Đòi hỏi như vậy là có phần quá đối với các học giả thập kỉ 1930. Những đóng góp khoa học của Đào Duy Anh không vì những lẽ đó mà giảm phần ý nghĩa quan trọng, tuy nhiên nếu đặt vấn đề cần định vị tác phẩm Khổng giáo phê bình tiểu luận trong lịch sử nghiên cứu Nho giáo ở Việt Nam thế kỉ XX thì nhìn nhận nhiều chiều, chỉ ra các hạn chế của việc áp dụng các quan điểm nghiên cứu là không thể lảng tránh. Những hạn chế đó là những hạn chế mang tính lịch sử.
Một điểm cần bàn nữa của Khổng giáo phê bình tiểu luận của Đào Duy Anh; là tác giả của nó quá thiên về nhìn nhận Khổng Tử với tư cách là người đại diện cho một giai cấp trong xã hội mà còn chưa chú ý thích đáng tới chính ông với tư cách là chủ thể của mọi tư tưởng và tình cảm đã được ông diễn tả sinh động trong Luận ngữ. Các triết thuyết của phương Đông hầu hết là những thứ triết học nhân sinh. Những điều mà Khổng Tử nói ra là những tư tưởng thuộc loại minh triết ứng xử. Học thuyết của họ thường là những suy ngẫm, đúc rút, thể nghiệm một đời. Cuộc đời họ thường là những hiện hữu sinh động nhất cho chính học thuyết của họ. Theo cách quan niệm này, sự chú ý tới đời sống tâm lí, tình cảm, khát vọng của chủ thể tư tưởng là hết sức cần thiết để ta hiểu triết thuyết của họ. Nói như thế cũng có nghĩa là cần đặt tư tưởng trong con người sống động với những phần thuộc về nhân tính phổ biến để nhìn nhận.
Về những điểm này, các học giả áp dụng các quan điểm giai cấp và kinh tế luận còn chưa chú ý một cách thích đáng. Từ cuối thế kỉ XX, các công trình nghiên cứu trên thế giới và ngay tại Trung Quốc quê hương của Khổng giáo đã chú ý rất nhiều tới các phương diện này của chủ thể tư tưởng và họ đã thu được rất nhiều thành tựu. Các công trình nghiên cứu về Nho giáo của Lý Trạch Hậu, Trịnh Gia Đống, Trương Lập Văn, Phương Khắc Lập ở Trung Quốc là những ví dụ tiêu biểu.
Việc nhắc đến hạn chế này của Khổng giáo phê bình tiểu luận chỉ là nhân việc đánh giá một công trình mà nhìn lướt lại một số vấn đề trong lịch sử nghiên cứu Nho giáo thế kỉ XX. Sau Đào Duy Anh, đã có nhiều công trình nghiên cứu Nho giáo tiếp tục xuất hiện ở Việt Nam, nhưng việc chú ý tới những nhân tố phát triển nội tại của học thuật, vai trò của chủ thể tư tưởng, tính hệ thống và những mối liên hệ đặc biệt trong tư tưởng Nho giáo... vẫn chưa phải đã được đánh giá phân tích một cách đầy đủ. Sự đánh giá này cũng không ngoài mục đích lưu ý tới lượng công việc rất lớn, rất ngổn ngang mà những thế hệ hiện nay còn phải làm. Và điều đáng nói hơn là những hạn chế đó hiện nay nhiều người vẫn đi theo mà không có sự thay đổi điều chỉnh khắc phục một cách mạnh mẽ có hiệu quả.
Nho giáo Việt Nam với những cách nhìn nhận và cách đánh giá mới mẻ, với những phương pháp không ngừng được đổi mới và hoàn thiện vẫn là những đòi hỏi không ngừng được đặt ra. Khổng giáo phê bình tiểu luận đã thực hiện sứ mệnh khởi đầu cho khoa nghiên cứu Nho giáo với tư cách là môn học thuật ở Việt Nam. Với tư cách khai nền đắp móng thời kì đầu, những ưu nhược như đã phân tích là không thể tránh khỏi.
Nhìn lại khoảng thời gian diễn ra các thảo luận về Khổng giáo đầu thế kỉ XX, chúng ta thấy dòng lớn của tư tưởng lúc đó là phản truyền thống. Việc mổ xẻ, nghiên cứu tư tưởng Nho gia nhằm mục tiêu ngăn chặn những di hại của nó được nhiều người công khai nói tới. Điều này được coi là tâm huyết với dân tộc và có trách nhiệm. Xu hướng nghiên cứu phê phán cũng là âm hưởng chính của tác phẩm Khổng giáo phê bình tiểu luận.
Đào Duy Anh không tán thành hai khuynh hướng, ủng hộ nhiệt thành và phê phán kịch liệt như diễn ra ở Trung Quốc, ông muốn bày tỏ quan điểm thái độ riêng, tức phân tích mổ xẻ đối tượng một cách khách quan khoa học với những gì nó vốn có với tất cả ưu nhược của nó, từ đó loại bỏ nhược điểm, phát huy ưu điểm. Việc vận dụng phương pháp luận mác xít như vừa nói ở trên cũng không ngoài mục đích chỉ ra những ưu nhược một cách khách quan. Tuy nhiên, những điều thuộc về Nho giáo được Đào Duy Anh chỉ ra phần lớn là những nhược điểm. Không khí chung của tác phẩm vẫn là phê phán. Điểm này là sự nhận thức lí tính mà ông không thể tránh được. Nó vẫn là xu hướng lớn của thời đại lúc bấy giờ. Một cách tất yếu Đào Duy Anh thấy Nho giáo để lại những di hại không thể chối bỏ. Ông cũng nhận thấy những mặt lỗi thời cổ hủ mà cuộc sống mới đã làm phơi bầy nó một cách rõ ràng. Nhưng Đào Duy Anh cũng không tán thành với quan điểm phủ định sạch trơn, coi khinh Nho giáo, quả quyết từ nay về sau Khổng giáo không còn có chỗ đứng gì trong đời sống xã hội nữa. Đào Duy Anh cũng lưu ý các nhà Tân học về thái độ đối với văn hóa truyền thống dân tộc nói chung và với Khổng giáo nói riêng. Ông nhìn nhận vấn đề có tính khách quan chừng mực hơn: “Vậy theo ngu ý thì nghiên cứu Khổng giáo là một điều cần thiết cho các nhà trí thức ở nước ta, nếu họ muốn sinh hoạt nhịp nhàng với xã hội, chứ không phải ở trên đám đất chôn nhau cắt rốn của mình mà như người khách lạ qua đường”. Quan điểm biện chứng cũng đã đưa Đào Duy Anh tới cái nhìn phủ định có tính kế thừa. Đời sống văn hóa hiện đại sẽ vẫn bảo lưu những giá trị tinh thần của Nho giáo, Nho giáo vẫn có mặt tích cực, cái tích cực đó cần nghiên cứu kế thừa, cái ảnh hưởng tiêu cực cần gạt bỏ. Muốn kế thừa hay phủ định gạt bỏ điều cần thiết trước tiên là phải hiểu cho đúng chân tướng của nó. Đó là lí trí mách bảo và cũng là tình cảm nồng hậu, không thiên lệch ở người trí thức có tầm nhìn xa rộng. “Khổng giáo ở nước ta xưa nay chưa từng có ai nghiên cứu cho tường tận. Các nhà cựu học thì cho Khổng giáo là kim khoa ngọc luật, cứ học theo cho đúng chứ không cần phải dùng trí phê bình. Còn các nhà tân học thì khinh rẻ quá. Hiện nay ta phải đem phương pháp khoa học mà nghiên cứu Khổng giáo thì mới biết rõ địa vị và công dụng của nó trong lịch sử được”.
Rõ ràng, ngoài cái nhìn có tính khoa học cụ thể cố gắng đẩy việc nghiên cứu tới khách quan, ở Đào Duy Anh từ tâm thức vẫn tồn tại một tình cảm nồng hậu với Khổng giáo. Tuy nhiên trong cách cảm nhận của Đào Duy Anh, Khổng giáo không tồn tại một cách độc lập, mà tồn tại với tư cách một thành tố của văn hóa truyền thống dân tộc. Tuy nhiên, do bối cảnh thời đại, Đào Duy Anh không đi sâu phân tích những giá trị tích cực, bền vững của Khổng giáo, ông chỉ lưu ý một thái độ cần thiết đúng đắn đối với Nho giáo, tránh cực đoan. Đó cũng đã là điều đáng quí trong nhận thức và tình cảm của trí thức dân tộc lúc bấy giờ.
