Tháng 8/2013, bà Lý đã thành lập Trung tâm Doanh nghiệp Hội nhập và Phát triển (viết tắt là IDE) thuộc Trung ương Hiệp hội Doanh nghiệp nhỏ và vừa (DNNVV) Việt Nam nhằm xây dựng một tổ chức hoạt động trong lĩnh vực khoa học và công nghệ, nghiên cứu phát triển bền vững DNNVV. Là người đứng đầu một đơn vị khoa học công nghệ ngoài công lập với số vốn ban đầu chỉ 200 triệu đồng, song với quyết tâm theo đuổi đến cùng, bà Lý cùng cộng sự đi sâu nghiên cứu các nhu cầu thực sự cần thiết để DNNVV phát triển trước sức ép của hội nhập.
Với sự nỗ lực vượt bậc, năm 2014 và 2015 bà Lý cùng hai cộng sự đã thành công trong việc phát minh sáng chế “Quy trình xác thực chống hàng giả” được cấp bằng độc quyền sáng chế và tên thương mại là Công nghệ CheckVN. Từ đây, Trung tâm trở thành đơn vị tiên phong nghiên cứu, phát minh, sáng chế và ứng dụng các giải pháp công nghệ số hóa 4.0 về quản trị, chống giả, xây dựng và bảo vệ thương hiệu tại Việt Nam.
Bà Phạm Thị Lý – Giám đốc Trung tâm Doanh nghiệp hội nhập và phát triển.
Từ năm 2015 đến nay, sáng chế đã ứng dụngvào thực tiễn cho hiệu quả. Ứng dụng công nghệ CheckVN thành công ở Hà Nội và được các tỉnh Hòa Bình, Hưng Yên, Quảng Ninh, Cần Thơ, Sóc Trăng, Hà Nam, Ninh Bình đưa vào xây dựng Hệ thống truy xuất nguồn gốc cấp tỉnh, minh bạchthông tin truy xuất nguồn gốc, quản lý an toàn thực phẩm, bảo vệ người tiêu dùng. Với tính ưu việt vượt trội, công nghệ CheckVN đã được hơn
3.000 doanh nghiệp trên địa bàn 41 tỉnh, thành phố ứng dụng để bảo vệ thương hiệu với bộ mã truy xuất nguồn gốc cho hơn 11.000 sản phẩm nông sản, thực phẩm an toàn gắn với kiểm soát và quản lý của các cơ quan quản lý chất lượng cấp tỉnh, thành phố.
CheckVN đã được nhận giải thưởng khoa học sáng tạo Việt Nam Vifotech năm 2016, được Bộ Công an đánh giá về độ bảo mật chống giả, Bộ Khoa học và Công nghệ thẩm định, đánh giá và chuẩn hóa công nghệ theo tiêu chuẩn Việt Nam và tiêu chuẩn quốc tế. Hơn nữa, CheckVN đã giúp cho Trung tâm hoàn thành xuất sắc “Chương trình Bảo vệ thương hiệu hàng hóa việt Nam thường niên trên quy mô toàn quốc” và nhận Bằng khen của Trung ương MTTQ Việt Nam năm 2020. Từ tháng 11/2019, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã ứng dụng công nghệ CheckVN xây dựng Hệ thống truy xuất nguồn gốc ngành nông nghiệp.
Năm 2020, bà Lý cùng 3 cộng sự xác lập thành tựu mới cho CheckVN với bản quyền sáng chế thứ hai “Hệ thống kiểm soát nguồn gốc thực phẩm ở cấp độ dành cho nhà quản lý và người dùng” được Cục Sở hữu trí tuệ chấp nhận hợp lệ tháng 1/2020. Trong đó, Tập đoàn Điện lực quốc gia (EVN) là đơn vị đầu tiên ứng dụng CheckVN 2 xây dựng bộ quy tắc đánh mã định danh để tạo ra một trục liên thông giữa các Tổng công ty để số hóa DN, quản lý tài sản; đấu nối 9 tổng công ty của EVN với gần 40 ngân hàng thương mại để thanh toán không dùng tiền mặt. CheckVN2 góp phần giúp cho EVN đạt con số 93% tỷ lệ khách hàng thanh toán không dùng tiền mặt.
Bà Phạm Thị Lý dành nhiều tâm huyết cho nông dân.
Năm 2017, 2018, bà Lý tiếp tục thành công với hai sáng chế: “Chế phẩm vi sinh để xử lý chất thải hữu cơ trong chăn nuôi” và “Chế phẩm hỗ trợ cai nghiện ma túy và phương pháp sản xuất chế phẩm này”. Năm 2020, bà Lý thành công giải trình tự toàn bộ Gen và xác lập bản đồ lục lạp loài sâm Nhất Dương Sinh (tên khoa học là Gioniothalamus sp.HTHP-2020), đăng ký mẫu với ngân hàng Gecbank và được công nhận (ngày 1/3/2021) là một loài mới trong công bố trình tự 10 gen; hiện đang nuôi cấy mô thành công tại Đông Anh.
Năm 2020, doanh số thu được từ hoạt động tư vấn, chuyển giao công nghệ của Trung tâm đạt hơn 10 tỷ đồng. Qua đó, giúp đỡ được nhiều DN, địa phương, nông dân khẳng định vị thế, thương hiệu khi sử dụng công nghệ và tư vấn.
Bà Lý đã trở thành nhà khoa học nữ đầu tiên của Việt Nam có phát minh sáng chế trong lĩnh vực công nghệ số. Đặc biệt, Hệ thống truy xuất nguồn gốc Hà Nội trở thành công trình công nghệ thành công đầu tiên trong hệ sinh thái thành phố thông minh Hà Nội.
Từ các kết quả đạt được trong lao động, sáng tạo, nghiên cứu và ứng dụng vào thực tiễn, bà Lý cùng đội nhóm vinh dự nhận giải thưởng khoa học sáng tạo Việt Nam Vifotech năm 2015 và cá nhân bà được nhận các bằng khen của: Bộ Công Thương năm 2018, Hiệp hội DNNVV Việt Nam, Hội Nghệ nhân và Thương hiệu Việt Nam, Hội Nữ trí thức Việt Nam. Năm 2019, bà Phạm Thị Lý đã được UBND thành phố Hà Nội, Hội LHPN thành phố Hà Nội vinh danh top 10 Phụ nữ Thủ đô tiêu biểu cùng nhiều Bằng khen, Giấy khen của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Nội, UBND huyện Đông Anh… cho các hoạt động vì sự phát triển ngành nông nghiệp và cộng đồng.