Đến giai đoạn từ năm 1986, do cơ chế quản lý HTX chưa được đổi mới nên số lượng và hiệu quả kinh tế của HTX giảm thấp.
Theo số liệu trên trang web của Tổng cục Thống kê, giai đoạn 2005-2020 tỷ trọng giá trị gia tăng của kinh tế tập thể trong GDP ngày càng giảm: năm 2005 tỷ trọng của kinh tế tập thể chiếm 6,6% GDP thì đến năm 2020 tỷ trọng này giảm gần một nửa xuống còn 3,62%. Nhìn chung, tỷ trọng giá trị gia tăng trong GDP của tất cả kinh tế tập thể, cá thể và nhà nước đến năm 2020, so với 2005, đều giảm. Chỉ có khu vực có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI) tăng (từ 15,2% GDP năm 2005 lên 20,34% năm 2020) và khu vực tư nhân tăng khoảng 0,6 điểm phần trăm năm so với năm 2005.
Tỷ trọng của khu vực kinh tế tập thể giảm do tăng trưởng về giá trị gia tăng của khu vực này thấp hơn mức tăng trưởng chung của nền kinh tế (GDP) và của các thành phần kinh tế khác. Tăng trưởng giá trị gia tăng bình quân của khối kinh tế tập thể giai đoạn 2005-2020 là 2,1% trong khi GDP trong giai đoạn này tăng bình quân 6,1%, trong đó khu vực FDI tăng 7,84%. Điều này dẫn đến tăng trưởng bình quân của tổng thu nhập Quốc gia (GNI) chỉ là 5,8% và đáng lo hơn cả là tăng trưởng về luồng tiền ra bình quân qua chi trả sở hữu thuần giai đoạn 2005-2020 là 14,5%(1).
Số liệu trên cho thấy kinh tế tập thể chưa phát triển tương xứng với kỳ vọng của Nghị quyết 13 của Trung ương. Kinh tế tập thể ngày càng teo tóp do nhiều lý do, trong đó lý do chính có thể do hình thức kinh tế này với cách tổ chức chưa thực sự mới, không mang lại hiệu quả do không có động cơ sản xuất và cũng không thấy có chính sách hỗ trợ cụ thể như chính sách hỗ trợ cho các doanh nghiệp FDI.
Phải chăng để kinh tế tập thể thực sự là một đóng góp quan trọng vào GDP thì cần thay đổi Luật Đất đai và chính sách. Hiện nay không ít hợp tác xã nông nghiệp cũ hầu như không có sản xuất gì mà chỉ tồn tại để giữ đất?