Vào năm 1958, bộ từ điển Bách khoa Larousse xuất bản ở Paris (nước Pháp) ghi nhận “Đào Duy Anh là một tên tuổi lớn trong các nhà bách khoa toàn thư hiện nay”. Bộ từ điển còn khái quát “Đào Duy Anh là nhà văn hóa Việt Nam hiện đại, nhà khảo luận và là tác giả của nhiều từ điển, nổi tiếng nhất là bộ từ điển Hán - Việt”. Tuy nhiên, những ghi nhận ấy vẫn chưa phản ánh đầy đủ cuộc đời hoạt động của nhà khoa học kể từ khi nhà xuất bản Quan hải tùng thư ra đời ở Huế. Thêm nữa, những tác giả của bộ từ điển này chưa làm rõ đặc điểm quan trọng đó là xu hướng chính trị và phương pháp tư tưởng nhất quán trong sáng tạo học thuật của ông. Mới đây, nhân kỷ niệm 120 năm ngày sinh của nhà khoa học, Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam, Hội Khoa học phát triển nông thôn Việt Nam đã cùng nhiều tổ chức xã hội khác đã tổ chức Hội thảo khoa học Quốc gia, với chủ đề “Giáo sư Đào Duy Anh: Từ chí sĩ cách mạng đến học giả uyên bác” tại Văn Miếu Quốc Tử Giám Hà Nội. Hội thảo đã thu hút được sự tham gia của đông đảo đại biểu là những chuyên gia và nhà khoa học của các viện nghiên cứu, trường đại học, nhiều tổ chức xã hội và dòng họ Đào Việt Nam.
GS Đào Duy Anh cùng bà Trần Thị Như Mận (ngồi giữa) và các thế hệ học trò trong ngày sinh nhật lần thứ 80 (Ảnh tư liệu)
Sau biên soạn Pháp Việt từ điển, công việc chủ yếu ông làm là nghiên cứu Lịch sử Việtt Nam. Trong nghiên cứu vấn đề này, ông cho rằng, việc đầu tiên là thu thập và chỉnh lý tài liệu. Ông thường dùng thời gian nghỉ hè và nghỉ Tết để đi về nông thôn các tỉnh, nhất là vùng Nghệ - Tĩnh để thu thập thêm tài liệu. Bằng cách này, ông đã tìm được những tư liệu quý hiếm mà nhiều thư viện đương thời chưa có như Hoa tiên ký nguyên tác của Nguyễn Huy Tự ở làng Trường Lưu (Thạch Hà, Hà Tĩnh), một số tư liệu gốc trong bản điều trần cuả Nguyễn Trường Tộ tại làng Bùi Chu (Nghi Lộc, Nghệ An); những gia phả và địa bàn tìm được ở Phủ Lỗ và Hội An đã giúp ông biết rõ hơn về địa thế xưa và tình hình buôn bán của Hoa kiều Trung Quốc ở đây. Ngoài ra, ông còn thuê in tất cả những sách Quốc sử quán ở Huế còn bản in gỗ. Trong đó, có bộ K tiểu bình phi khẩu phương lược toàn thư gồm 150 quyển, ghi chép công văn đàn áp những cuộc nổi dậy của nông dân địa phương thời Minh Mệnh. Với sự cộng tác của nhiều nhà nghiên cứu dể cùng biên soạn, ông đã có kế hoạch xuất bản những bộ tùng thư về văn học và lịch sử cổ điển nhưng chưa kịp xuất bản thì chiến tranh thế giới lần thứ II nổ ra nên đã phải dừng.
Từ công việc chính là nghiên cứu Lịch sử Việt Nam, ông đã đi sâu chỉnh lý tài liệu về Lịch sử; dich và chú giải sách Phủ biên tạp lục của Lê Quý Đôn là một tài liệu quan trọng về lịch sử và địa lý Đàng Trong đang còn khó hiểu và chưa được dùng. Cùng với dịch thuật và giám định Phủ biên tạp lục, ông đã tiến hành nghiên cứu Lịch sử cổ đại Viêt Nam. Nhờ xây dựng được tủ sách phong phú, chu đáo nên việc xử lý tài liệu nghiên cứu không mấy khó khăn. Khi còn ở Huế, xa cách các thư viện lớn, ông đã phải tự xây dựng một tủ sách phong phú gồm nhiều thể loại từ khoa học đến xã hội, văn học, nghệ thuật, ngôn ngữ, kinh tế, dân tộc và triết học. Trong đó, đăc biệt là về lịch sử. Ngoài sách in chữ Pháp, chữ Hán, chữ Việt và những bộ sách toàn bộ của các tập san, tạp chí có liên quan, ông còn sưu tập và thuê viết tay nhiều tài liệu quý hiếm. Có thể nói, những tài liệu cơ bản cần thiết về lịch sử ông đã có sẵn nên, mặc dù khi bắt tay vào nghiên cứu ông mắc bệnh phổi phải nằm ở nhà, nhưng vẫn tiếp tục công việc nghiên cứu hết sức hấp dẫn và lôi cuốn này.
Về cổ sử Việt Nam, ông nhận xét, từ những sách chữ Hán đến những bộ sách tiếng Việt nổi tiếng như Việt Nam sử lược cuả Trần Trọng Kim chỉ cho biết những truyền thuyết về thời Hùng Vương và An Dương Vương, sách giáo khoa viết bằng chữ Pháp dựa vào tài liệu có vẻ khoa học nhưng lại đầy thiên kiến thực dân của các học giả, họ đã xem tổ tiên chúng ta chỉ là nhóm người nguyên thủy may nhờ sự chinh phục của người Hán mới thấy được chút ánh sáng văn minh. Ông nghĩ phải quyết tâm dùng ánh sáng của khoa học lịch sử tiên tiến để nghiên cứu những vấn đề cơ bản có quan hệ đến lịch sử cổ đại nước nhà. Ông rất phấn khích nhận thấy ý nghĩa lịch sử của các truyền thuyết có quan hệ với nguồn gốc dân tộc và mối quan hệ những tên đất và tên tộc xưa gắn với tín ngưỡng tô tem phổ biến trong xã hội thị tộc. Ông đã chứng minh được nền văn hóa Đông Sơn là sản phẩm độc đáo của Tổ tiên mà học giả phương Tây coi như không có quan hệ gì với dân tộc chúng ta. Họ đã xem nền văn hóa này được nảy sinh nhờ ảnh hưởng của văn hóa đồ đồng Hán tộc. Ông cũng đã phát hiện rằng, nước Âu Lạc do An Dương Vương xây dựng là kết quả của sự đoàn kết chiến đấu của 2 bộ tộc Tây Âu và Lạc Việt, 2 bộ tộc này đã trở thành những thành phần cơ bản ở nước ta, họ đã tiến hành cuộc kháng chiến chống lại đội quân nhà Tần sau 10 năm chiến đấu trường kỳ.
Theo Đào Duy Anh, sau những năm thoát khỏi nhà tù thực dân, tuy không trực tiếp tham gia hoạt động cách mệnh nhưng ông vẫn tham gia các phong trào công khai, thường xuyên học hỏi về chủ nghĩa Mác, được các nhà xuất bản của Đảng Cộng sản Pháp cung cấp tài liệu, việc mua sách về chủ nghĩa Mácn không mấy khó khăn. Do vậy, thư viện của ông đã có một nguồn riêng về chủ nghĩa Mác. Tuy nhiên, theo ông nắm được tinh túy và quán triệt được chủ nghĩa Mác trong hoạt động nghiên cứu lại là vấn đề không đơn giản. Ông tự hào là đã đóng góp đề cao tinh thần dân tộc song chưa dám tự tin về vận dụng chủ nghĩa Mác trong hoạt động nghiên cứu.
Sau cách mạng tháng 8, cuối năm 1945, khi thành lập trường Đại học Việt Nam khai giảng vào ngày 15 tháng 11 năm 1945 GS Đào Duy Anh đã cùng các học giả khác như Cao Xuân Hạo, Nguyễn Văn Huyên, Đặng Thai Mai… được mời giảng dạy tại Đại học Văn khoa.
Vào giai đoạn đầu của kháng chiến chống xâm lược Pháp, ông hoạt động trong chi hội văn nghệ liên khu IV. Phòng Chính trị Quân khu yêu cầu ông viết cuốn sách về lịch sử Việt Nam để làm tài liệu huấn luyện, sau khi gặp những người quen biết, tìm đủ tài liệu viết giáo trình ông mới nhận lời. Cho dù đang mắc bệnh phổi phải điều trị, nhưng một năm sau ông đã viết xong bộ sách Việt Nam lịch sử giáo trình gồm 4 tập, được đánh giá là tiến bộ hơn so với những bộ sử trước đây cả về tài liệu cũng như quan điểm.
Giữa năm 1950, ông được điều ra Việt Bắc phụ trách Ban Sử địa thuộc Bộ Giáo dục. Ở gần các cơ quan thuộc Ban Tuyên Huấn Trung ương, ông mượn được các bộ sách lịch sử Trung Quốc viết theo quan điểm Mác Xít (bộ Trung Quốc xã hội sử cương. Trung Quốc thông sử giám biên và Trung Quốc cổ đại xã hội nghiên cứu). Đọc những sách này, ông học được nhiều. Những vấn đề trước đây ông còn lờ mờ về lý luận Mac-Xít, giờ ông đã ứng dụng một cách hệ thống vào việc nghiên cứu. Đọc lại bản thảo Những vấn đề cổ sử Việt Nam đã bổ sung để giảng dạy ở Đại học văn khoa Hà Nội sau cách mang tháng 8, so với với những vấn đề cổ sử Trung Quốc ông vui mừng, thấy mình đã vận dụng một cách hệ thống vào nghiên cứu lịch sử Việt Nam.
Tiếp nhận tài liệu và một số sách chữ Hán còn lại của thư viện họ Cao ở Nghệ An, ông đã có được tài liệu tối thiểu để viết giáo trình giảng dạy về Lịch sử Việt Nam. Cuối năm 1954, ông trở lại Hà Nội giải phóng, ông phụ trách môn lịch sử Việt Nam trong trường Đại học Sư phạm, ít lâu sau được chuyển sang Đại học Tổng hợp. Năm 1955 ông cho xuất bản bộ sách Cổ sử Việt Nam từ bản thảo ông đã khởi thảo trước Cách mạng tháng Tám có bổ sung sau này. Sách Cổ sử Việt Nam cùng sách Lịch sử Việt Nam là những bản thảo ông dùng để giảng dạy ở trường Sư phạm cao cấp. Sách Cổ sử Việt Nam đã được Viện Đông phương học ở Maskva dịch và in trong một thư mục, đã công nhận đây là quyển sách đầu tiên về về lịch sử cổ đại Việt Nam viết theo quan điểm duy vật lịch sử. Năm 1957 ông đã bổ sung, mở rộng để viết lại và cho xuất bản dưới tiêu đề Lịch sử cổ đại Việt Nam chia thành 4 tập, đã được Viện Khoa học Trung Quốc biên dịch và xuất bản vào năm 1959.
Sau vụ Nhân văn giai phẩm ông thôi việc giảng dạy. Tuy nhiên, ông được an ủi là đã làm việc hết mình và đóng góp tích cực trong xây dựng điều kiện học tập và nghiên cứu khá phong phú cho khoa sử để cán bộ và sinh viên có đủ tài liệu nghiên cứu, nhất là về lịch sử Việt Nam. Ông đã truyền đạt được lòng hăng say, dám dấn thân cho sinh viên khoa sử từ buổi ban đầu là khoa người ta không mấy hứng thú xin vào để trở thành một trong những khoa hấp dẫn nhất và bồi dưỡng được những lớp cán bộ có khả năng và lòng đam mê nghiên cứu để trở thành những người nghiên cứu tầm cỡ về lịch sử nước nhà.
